Khác với vaccine truyền thống, thay vì tiêm toàn bộ mầm bệnh để kích hoạt phản ứng miễn dịch, vaccine protein (Protein vaccine) chứa các mảnh protein của mầm bệnh, đã được tinh chế chọn lọc đặc biệt để có khả năng kích thích tế bào miễn dịch, sau khi đưa vào cơ thể. Vì những mảnh protein này không có khả năng gây bệnh nên vaccine protein được xem là an toàn hơn vaccine truyền thống.

Hiện tại vaccine protein do Novavax phát triển đã được ứng dụng trong phòng dịch COVID-19.